„Selten trifft man auf solch einen reinen Tonglanz, Farbenreichtum und technische Überlegenheit. Es ist eine Freude, ihn spielen zu hören!“, schrieb der Dirigent und Komponist Gunther Schuller über Michael Faust. Seine Ausbildung begann er in seiner Heimatstadt Köln bei Cäcilie Lamerichs und führte sie später in Hamburg bei Karlheinz Zöller und in Basel bei Auréle Nicolet fort. Neben nationalen wie internationalen Preisen erhielt er als erster deutscher Musiker den angesehenen ‚Pro Musicis-Award 1986‘ in New York. Solokonzerte führten ihn seitdem in nahezu alle Länder Europas, nach Nord- und Südamerika, durch Afrika sowie nach Japan. Auch den Dirigenten Lorin Maazel beeindruckte Michael Faust „durch seinen großen, blühenden Ton und seine ausgesprochene Musikalität“.

Höhepunkte seiner Karriere sind Aufführungen von Iberts Flötenkonzert mit dem Moskauer Radio-Symphonieorchester unter Vladimir Fedossejev, Aufführungen von Gunther Schullers Flötenkonzert mit dem Saint Louis Symphony Orchestra, Auftritte in der New Yorker Carnegie-Recital-Hall, dem Amsterdamer Concertgebow (Schuller Flötenkonzert). Michael Faust bestritt Solokonzerte u. a. an so verschiedenen Orten wie der Kölner Philharmonie (u.a. Peteris Vasks Flötenkonzert mit dem WDR-Sinfonie­orchester Köln unter Semyon Bychkov), der Kioi-hall in Tokyo, dem ‚Teatro Amazonas‘ in Manaus und in Spokane, USA.

Viele Komponisten schrieben Werke für Michael Faust oder das von ihm gegründete „Ensemble Contrasts“, so u.a. Manfred Trojahn, Heinz-Martin Lonquich, Bojidar Dimov, Gunther Schuller und York Höller. Mauricio Kagel und Peteris Vasks schrieben für ihn ihre Flötenkonzerte. Dies und die Teilnahme an Festivals wie ‚Darmstädter Tage für Neue Musik‘ zeigen sein großes Engagement für die Zeitgenössische Musik. Auch im 21. Jahrhundert wurden ihm mehrere Werke für Soloflöte von internationalen Komponisten zugeeignet.

Seine Laufbahn als Orchestermusiker führte ihn mit nur 20 Jahren als Solo-Flötist an das Orchestra di Santa Cecilia in Rom, später an dieser Position zum Hamburger Philharmonischen Orchester und den Münchner Philharmonikern unter Sergiu Celibidache. Seit 1988 hat er die Stelle des Soloflötisten beim WDR Sinfonieorchester Köln inne.

Michael Fausts pädagogisches Engagement wird durch viele Meisterkurse dokumentiert, die er in Europa, Südamerika, Japan, China und den USA gibt. An der Musik­hochschule Düsseldorf erhielt er auf Grund langjähriger Lehrtätigkeit eine Honorarprofessur, in Shenyang – China – war er 2007 Gastprofessor. Außerdem war er mehrere Jahre lang Dozent bei der ‚European Mozart Foundation‘ in Prag und Warschau und gibt regelmäßige Meisterkurse als Gastprofessor an der Musashino- Musikhochschule in Tokyo.

Neben einer großen Reihe von Produktionen für Rundfunk- und Fernsehstationen in ganz Deutschland, Frankreich, den USA und Japan, nahm Michael Faust, nach einer ersten Schallplattenauf­nahme mit dem Pianisten Alexander Lonquich, 1990 das Werk ‚El Cimarrón‘ von Hans-Werner Henze auf. Seitdem erschienen eine Vielzahl CD-Einspielungen mit Werken aus allen Epochen, so bei ‚GM Recordings‘ in Boston drei CD’s mit Werken der Epoche Bach bis Mozart, die Michael Faust mit dem Cembalisten und langjährigen Duo-Partner Ilton Wjuniski in den USA einspielte, wo auch die Aufnahmen zu seiner CD mit Sonaten von César Franck und Sergej Prokofjev enstanden. Mit dem ‚Ensemble Contrasts‘ engagiert sich Michael Faust besonders in der Neuen Musik, was z. B. eine bei cpo erschienene, ausschließlich Elliott Carter gewidmeten CD dokumentiert. Mit dem WDR-Sinfonieorchester Köln unter Serge Baudo und Alun Francis nahm er u.a. Konzerte für Flöte und Orchester von J.Ibert, C.Nielsen und L.Bernstein auf (Capriccio). Diese Aufnahme fand bei der internationalen Kritik besonderen Anklang. Das in England erscheinende Magazin „Gramophone“ bezeichnet Michael Faust „a splendid flautist and artist“, „Fono Forum“ nennt ihn einen „profilierten Solisten“, die französische „La Traversiere“ einen «interprète à découvrir».

Im Jahre 2011 rief er das Projekt „Gargonza Arts“ ins Leben, mit dem hochbegabte Künstler verschiedener Disziplinen gefördert werden.